« L’auteur de l’Histoire naturelle a suivi une route toute différente. Rival de Platon et de Lucrèce, il a répandu dans son ouvrage, dont la réputation croît de jour en jour, cette noblesse et cette élévation de style qui sont si propres aux matières philosophiques, et qui dans les écrits du sage doivent être la peinture de son âme. »

L’éloge semble vibrant, et c’est en ce sens que Buffon semble l’entendre, comme en témoigne sa lettre à d'Alembert du 20 juin 1751 ( Lettre L43 de notre édition électronique)

Toutefois, les notes de l’édition Nadault de Buffon jettent le doute sur cette entente cordiale entre les deux philosophes. Georges Gusdorf, de même, a donné une lecture ironique de l’éloge de Buffon par d'Alembert.

« Il faut lire entre les lignes cet éloge teinté de malveillance confraternelle. d'Alembert ajoute que l’authentique philosophie ne doit pas abandonner le souci d’instruire pour celui de plaire. » (Gusdorf, $, p. 270).

En effet, d'Alembert poursuit par un éloge du Traité des systèmes de Condillac, comme ayant porté le dernier coup au « goût des systèmes, plus propre à flatter l’imagination qu’à éclairer la raison » et « aujourd'hui presque absolument banni des bons ouvrages ». D’Alembert ajoute même, ce qui est une critique générale mais où l’on pourrait tout à fait lire un coup de griffe adressé à Buffon : « L’esprit d’hypothèse et de conjecture pouvait être autrefois fort utile, et avait même été nécessaire pour la renaissance de la philosophie ; parce qu’alors il s’agissait encore moins de bien penser, que d’apprendre à penser par soi-même. Mais les temps sont changés, et un écrivain qui ferait parmi nous l’éloge des systèmes viendrait trop tard. »

Ici, on ne peut s’empêcher de penser à la manière dont les trois premiers tomes de l’Histoire naturelle furent lus par ses contemporains : comme une vaste préface philosophique, préambule inutile à la véritable description de la nature.

Buffon persistera dans l’éloge des systèmes, comme dans le texte célèbre de l’Histoire naturelle du fer, en 1783, où il écrira : « Cependant il est aisé de sentir que nous ne connaissons rien que par comparaison, et que nous ne pouvons juger des choses et de leurs rapports, qu’après avoir fait une ordonnance de ces mêmes rapports, c’est-à-dire un système. » ( Minéraux, t. II, p. 344.)

Ainsi, comme le note Gusdorf : « d'Alembert, en alléguant l’autorité de Condillac, dénonce en Buffon un grand écrivain qui se prend, et que l’on prend, à tort, pour un vrai savant — un poète comme Platon ou Lucrèce, mais non un naturaliste digne de ce nom. En cette affaire, c’est d'Alembert qui avait tort. »

En effet, ce qui se joue dans l’opposition entre Buffon et d'Alembert, c’est le statut de l’histoire naturelle comme science, et l’autonomie relative de la physique, science des êtres naturels, par rapport à la médecine ou aux mathématiques.